Şirince Köyü’nün eski kaynaklarda “Dağdaki Efes” adıyla anılması bu köyün köklü bir geçmişe sahip olduğunu göstermektedir. Yerleşimin tarih sahnesine çıkışını belirleyecek kesin bir ipucu olmasa da Efes kentinin dağılıp limanın Kuşadası’na (Scala Nova)
taşınmasıyla küçük bir grubun dağa çıkmış olması görüşü hakimdir. Bu insanlar Menderes nehrinin getirdiği alüvyon ve taşkınlar nedeniyle bölgede zorlaşan yaşam koşulları neticesinde ovayı terk ederek dağda yerleşmeyi tercih etmiş olmalıdırlar.
Köyün geçmişteki Çirkince ismine değin anlatılan o ki, dağdaki köyün varlığını gizlemek için Ayasuluk’ta ve başka yerlerde Çirkince denip durur. Bu adlandırmaya dair anlatılanların en belli başlısı, Aydınoğulları döneminde azat edilen bir grup Rum’un kendilerine gösterilen yere yerleştikten sonra civar köydekilerin “yerleştiğiniz yer güzel mi?” sorusuna verdiği yanıttır: “Çirkince”.
Şirince’de bilinen en eski yapı, Helenistik dönemden. Büyük bir olasılıkla Efes kentinin kurulduğu Lysimakhos çağına ait olan bu yapı aslında bir kule. Stratejik konumdaki Klaseas Vadisi içinde Efes kentinin erken uyarı sisteminin bir parçası olarak düşünülmesi gerekiyor. Yapı, Bizans döneminde değişikliğe uğramış. Bugün yörede manastır olarak biliniyor.
Köydeki bir şeftali bahçesinde bulunan ve üzerinde Georgios (Yorgo) adına rastlanan pişmiş topraktan ekmek damgası yörede Bizans Çağı’nda toplum yaşamının varlığına işaret etmektedir.
Birtakım kayıtlar, Türkler’in yöreye gelmeleri ve Ayasuluk’u (Selçuk Kalesi çevresi) merkez edinmeleri sırasında, bugünkü yerleşimin yerinde Kırkınca (Kyrkindje, Kirkindsche, Kirkidje, Kırkıca) isimli bir köyün 16. yüzyılda varlığını gösteriyor.
Kırkıca’ya ilişkin en eski gezi günlüğüne, 1698-1702 arasında İzmir’de yaşayan bilgin papaz Edmund D. Chishull’un “Türkiye Gezisi ve İngiltere’ye Dönüş” adlı kitabındaki hatıralar arasında rastlıyoruz. Chishull, 1699 yılının 30 Nisan günü Tire’den ayrılarak Efes ören yerine ulaşır. Kitaptan anlaşıldığı kadarıyla Efes çevresinde konaklanacak yer Kirkidje Köyü’dür. Chishull ve rehberi Ayasuluk tepesinin doğusundan Klaseas Vadisi’ni izleyerek akşam saat sekiz sularında köye ulaşırlar. Gerisini Chishull’dan dinleyelim:“… Onun rehberliğinde atlarımızla Efes hisarının altından birbuçuk saat süren yorucu ve uzun ama zevkli bir yoldan ve çağlayanlı bir derenin bulunduğu iki tepe arasında gittik. Her iki yanımızda sarkan mersin, zakkum, katırtırnağı, erguvan, leylâk ve diğer haz verici ağaçların koyu gölgeleriyle ağırlandık…”
Geceyi katırcıların kurdukları çadırlarda geçirdikten sonra ertesi gün, 1 Mayıs günü köyü dolaşırlar. Chishull’un aktardığına göre köyün tüm halkı hristiyandır.“…Köyün papazı bize, güya İncil yazarlarının el yazılarını göstermek istedi. “Havvarilerin Yaptıkları” kitabında açıklanan yedi papaz yardımcısından biri olan Prochorus tarafından yazıldığını iddia ettiği bir İncil gösterdi. İncelememiz sonucunda harflerin eski, belki 6. veya 7. yüzyıldan kalma olduğunu gördük. Kitap, ya İncil’in kopyası ya da bir dua kitabıydı….”
Chishull ve beraberindekiler aynı gün öğleden önce Kırkınca’yı terk ederek Efes’e inerler.
Bir dönem eşkıya yatağı olan Çirkince ve civarı 1780’li yıllarda Osmanlılar tarafından iskân edilir ve Ege Bölgesi’nin pek çok yerinde olduğu gibi. Çirkince’ye de, toprağı işleyip vergi verirler düşüncesiyle Rumlar yerleştirilir. Hızla kalkınan köy, 19. yüzyılda yaklaşık 5000 rum nüfus barındıran 1800 haneden oluşmaktadır. Çirkince, bu dönemde incirleriyle meşhur önemli bir merkez haline gelir. Osmanlı İmparatorluğu’nun en büyük iki incir ihracatçısı Çirkinceli’dir.
“Köylünün kemerini altınla dolduran incir! Sadece Aydın ilinde değil, bütün Doğu’da, Avrupa ve Amerika’da bile ün salmıştı incirlerimiz. Derisi var mı, yok mu anlayamazdınız, öylesine inceydi; Anadolu’nun o canım güneşiyle ballanmışlardı.”
Benden Selâm Söyle Anadolu’ya isimli romanın, Çirkince’de yaşamış Yunanlı yazarı Dido Sotiriyu’nun ballandırarak anlattığı incirden başka Osmanlılar’ın önemli ihraç maddelerinden biri olan tütün de Çirkince’nin pek tanınan ürünlerindenmiş bir zamanlar. Köyün bugün restoran olarak kulanılan Rum dönemi okulunun, tarihi kesin olarak bilinmemekle birlikte incir tüccarları tarafından yaptırıldığı söylenmektedir.
1914 yılında başlayan I. Dünya Savaşı, Anadolu’da tüm şiddetiyle kendini gösterir. Osmanlı hükümeti Kırkıca Köyü’nün rum gençlerini Amele Taburu denilen özel çalışma birliklerine kaydeder. Ancak taburdan kaçanlar dağlarda çetelik yaparak ya da Yunanistan’a sığınarak direnişte bulunurlar. 1918 yılında savaşın bitmesiyle Kırkıcalılar’dan sağ kalanlar köylerine dönerler. Bu yılları Dido Sotiriyu şöyle dile getiriyor:“Almanlar mühimmat depolarını olduğu gibi eski Efes’te bırakmışlardı. Mondoros Mütarekesi’nin emrettiği gibi, bu depoları müttefiklere teslim etmekle görevli Türk jandarmaları ise kaçmıştı. Ve Kırkıca Köyü’nün sakinleri, karanlık bastırdığı andan itibaren eski Efes’in yollarını arşınlayarak depolardaki bütün silâh ve patlayıcı maddeleri köye taşıdılar. Ve ancak o vakit hür hissettiler kendilerini. Kamburu çıkmış sırtlar birden düzeldi…”
15 Mayıs 1919’da İzmir’i işgal eden Yunan Ordusu Kırkıca’da büyük bir coşkuyla karşılanır. Kendini Yunanlı kabul ederek Yunan Ordusu’na gönüllü asker olarak yazılan Kırkıcalı, Urlalı, Bornovalı, Kuşadalı rum gençlerin başına Yunanlı subaylar verilerek bağımsız alaylar oluşturulur. 10 Ağustos 1920 tarihli Sevr Antlaşması, Müttefikler’le bir olup Batı Anadolu’yu paylaşmak hülyasındaki bu gençleri daha da cesaretlendirir. Ancak Türk Kurtuluş Savaşı’nı noktalayan 30 Ağustos 1922 Büyük Taarruz Zaferi ve bunun ardından 9 Eylül 1922’de İzmir’in düşman işgalinden kurtarılması sonrasında bu yörede yaşayan rum köylülerin çoğu Yunanistan’a göç ederler. Bu göçlerden Kırkıca da nasibini alır, birkaç yaşlısı dışında ıssız bir köy hüviyetine bürünür. 1924’teki Göçmen Mübadelesi Anlaşması’yla Selânik, Kavala ve Provusta’dan gelen Türkler’in buraya yerleştirilmeleriyle köy yeniden canlanmaya başlar. Cumhuriyet’in ilk yılarında köyü ziyaret eden, dönemin İzmir Valisi Kâzım Dirik Paşa Çirkince’nin adını Şirince yapar. Dirik Paşa’nın “Böyle güzel bir yer Çirkince olamaz; olsa olsa Şirince olur.” dediği bugün halâ dilden dile aktarılmaktadır.