Osmanlı tahtında, 1821 yılında, Sultan II. Mahmut oturmaktadır. Sadrazam ise Benderli Ali Paşa’dır. Yunanistan ve Balkanlar’ın, Osmanlı İmparatorluğu’nun hâkimiyetinden koparılmasına yol açan Mora İsyanı’nın plânlayıcısı olan, devrin Rum Patriği Gregorius’un, Rus Çarı Alexandr’a gönderdiği ihanet mektubu ele geçirilince; bu hain, Fener Patrikhanesi’nin kapısında asılmak suretiyle idam edilmiştir. İhanet mektubunun ve Mora İsyanına ilişkin belgelerin bulunması üzerine yapılan duruşma sonucunda, suçlu bulunarak patrikhanenin orta kapısı önünde asılarak idam edilen Patrik Gregorius’tan sonra gizlice toplanan patrikhane yönetimi, aynı yerde bir Türk devlet veya din adamı asılana kadar, kapının kapalı tutulmasına karar verdi.

O devirde Rum Patriği, Büyük Osmanlı Devleti’ne ihanet etmiştir ve Osmanlı’nın şikayet edildiği kişi de, Osmanlı’nın en büyük rakibi ve düşmanı olan iki devletten birinin, yani Rusya’nın Çarı’dır. Bu kapı Cumhuriyet Dönemi’ne kadar zincirlenmiş olarak tutuldu. Halen kapalı olan bu kapı, patrikhane çevrelerinde Kin Kapısı olarak anılmaktadır. Günümüzde, Rum Ortodoks Patrikleri, Patrikhane’ye başka kapıdan girip çıkmaktadır. Günümüzde bu kapının açıldığı sokağa Türkler, Sadrazam Ali Paşa Sokağı adını vermişlerdir.

Patrik Gregorius’un, Rus Çarı Alexandr’a yazdığı ihanet mektubunun bir kısmında şöyle denilmektedir:

“Türkleri maddeten ezmek ve yıkmak mümkün değildir. Çünkü Türkler çok sabırlı ve dayanıklı insanlardır. Gayet mağrurdurlar ve izzet-i nefis sahibidirler. Bu hasletleri de dinlerine olan bağlılıklarından ve kadere rıza göstermelerinden, geleneklerinin kuvvetinden; padişahlarına, kumandanlarına ve diğer büyüklerine olan itaat duygularından gelmektedir.

Türkler zekidirler ve kendilerini iyi yolda sevk ve idare edecek liderlere sahip oldukları müddetçe de çalışkandırlar. Gayet kanaatkârdırlar. Onların bütün meziyetleri hatta kahramanlık ve yiğitlik duyguları da geleneklerine olan bağlılıklarından, ahlâklarının güzel ve saf olmasından, bilhassa dini ve manevi hayatlarını düzenleyen ve derleyen şahsiyetlere olan bağlılık ve saygılarından gelmektedir.

Türkleri evvela bu dini ve manevi şahsiyetlerinden mahrum bırakmak, kriz ve sıkıntı anlarında doğru yolu gösterecek kişi ve odaklardan mahrum bırakmak gerekir. Bunun da kestirme yolu dini ve manevi hayatı temsil eden teşkilat ve şahsiyetleri, milletleri üzerinde etkili olmaktan çıkarmaktır. Halkı da milli ve manevi geleneklerine uymayan dış telkin ve fikirlerle tahrip etmektir.

Türkler dış yardımı reddederler, haysiyet duyguları buna engeldir. Bundan dolayı, geçici bir zaman için dahi olsa, Türkleri dış yardıma alıştırmalıdır. Maneviyatları sarsıldığı gün kendilerinden şeklen çok kuvvetli, kalabalık ve güçlü görünen hakim kuvvetler önünde zafere götüren asıl güçleri sarsılacak ve maddi araçların üstünlüğü ile yıkmak mümkün olacaktır…”

Fener Rum Patrikhanesi, tek başına bir kurum olarak Lozan Antlaşması’nda yer almamıştır. Yani Lozan Antlaşması’nda, patrikhaneyi ilgilendiren özel bir madde yoktur. Kısaca, patrikhanenin tek hukuki ve sosyal dayanağı, Türk Devleti ve Türk Milleti’nin hoşgörüsüdür.

Gazi Mustafa Kemal Paşa’nın, 20 Ocak 1923 tarihli Hakimiyet-i Millîye Gazetesi’nde yayınlanan, Fener Patrikhanesi ile ilgili beyanatı da aşağıdaki gibidir:

“Bir fesat ve hıyanet ocağı olan ve memleketimize nifak tohumları eken, uyuşmazlık çıkaran, Hıristiyan hemşerilerimizin huzur ve refahı için uğursuzluğa ve felakete sebep olan, Rum Patrikhanesi’ni artık topraklarımızın üzerinde bırakamayız. Bu tehlikeli teşkilatı memleketimizde muhafazaya bizi mecbur etmek için ne gibi vesile ve sebepler gösterilebilir?

Türkiye’nin Rum Patrikhanesi için arazi üzerinde bir sığınılacak yer göstermeye ne mecburiyeti var? Bu fesat ocağının hakiki yeri Yunanistan değil midir?”